Przed wypełnieniem harmonogramu rzeczowo finansowego należy określić czy koszty kwalifikowane do dofinansowania są kosztami netto, czy brutto (z VAT). VAT może stosować koszt kwalifikowane w ramach wydatków jedynie w przypadku, jeśli zgodnie z odrębnymi przepisami Beneficjentowi nie przysługuje (i nie będzie przysługiwało ) prawo jego zwrotu lub odliczenia od należnego podatku od towarów i usług.